様々な点において自由度の高い注文住宅ですが、構造も自由に選べます。一般的なのは木造ですが、その他にも鉄骨造や鉄筋コンクリート増があり、それぞれに特徴があります。昔ながらの住宅は木造が多いですが、夏の暑さや湿度、冬の寒さにも合った構造になっており、間取りの自由度も高めです。増築や改築が必要になった時に柔軟に対応できるのが木造であり、現在の注文住宅の大半がこの構造となっています。
火事や地震に弱いというのも昔の話で、今は耐震性にとても優れていて、耐火性も重視した造りになっていますので全く問題はありません。鉄骨造の注文住宅は、軽量鉄骨造と重量鉄骨造とに分けられます。鉄鋼材を使用していますので強い構造になっており、耐震性や耐火性にも優れています。品質も安定していますので住宅として優秀ですが、木造よりもコストがかかり、工期も長くなりますので、短期間で家を建てて引っ越したい場合には向きません。
また、重さに耐えられるような地盤を必要とするため、建築する場所によってはこの構造を選ぶことができず、それでも建てたい時には地盤改良等の対応が求められます。鉄筋コンクリート造は鉄筋とコンクリートを使って壁や天井、梁等を作り、非常に強固な構造となることから自由なレイアウトを実現できます。遮音性にも優れていますので家族間でもプライベートを確保したい場合に向いていますが、気密性が高いために湿気が溜まりやすいのが難点です。カビや結露が発生しやすいので、お手入れには気を付ける必要があります。